Im Jahre 1227 wurde die letzte Zisterzienserabtei in der Schweiz gegründet. Die Mönche konnten etwa 30 Jahre später die schöne Kirche mit ihren acht Altären einweihen. Das Kloster wurde im Jahre 1507 durch ein Feuer arg beschädigt. Vor allem die Kirche fiel den Flammen zum Opfer. Leider wurden dabei viele Kulturgüter zerstört.
Zehn Jahre später war die Klosterkirche wieder aufgebaut, und man konnte die Kirche ein zweites Mal einweihen.

Das Kloster musste im Jahre 1841 von den Mönchen verlassen werden, da die Regierung des Kantons die Klöster im Aargau auflöste. Heute dient die Klosteranlage der Jugend. Die Kantonschule Wettingen nutzt die sehr schönen Gebäude als Schulräume.

Bis 1979 war die Ausbildung von Lehrerinnen und Lehrern im Wettinger Kloster untergebracht.