Murgenthal ist ein Streudorf, welches aus mehreren dörflichen Siedlungen und Weilern besteht. Diese sind durch viel Wald voneinander getrennt. Zur Gemeinde Murgenthal gehören der Weiler Walliswil und die Siedlungen Riken, Balzenwil und Glashütten, und natürlich in der Talsohle gelegen, Murgenthal. Besonders die vier erstgenannten sind sehr schöne Gebiete, in denen man gut wandern kann.
Die Gemeinde liegt ganz in der Südwestecke des Kantons. Hier grenzen die Kantone Solothurn, Bern und Luzern an den Kanton Aargau. Durch die Aare wird die Grenze zu Solothurn gebildet, und die kleineren Flüsse Murg und Rot sind die Grenze zu Bern.
Mit insgesamt über 1800 Hektaren Gemeindegebiet ist Murgenthal die drittgrösste Gemeinde des Aargaus, jedoch zwei Drittel der Fläche (etwa 1200 ha) sind mit Wald bedeckt.
Dieser Wald gehört jedoch zum grössten Teil nicht den Murgenthalern selbst. Viel Wald gehört auch den Zofinger Ortsbürgern. Mit seiner grossen Waldfläche hat Murgenthal aber den grössten zusammenhängenden Wald vom ganzen Mittelland bei sich (Unterwald, Boowald und Langholz sind die aneinander hängenden Wälder, welche aber den Gemeinden Rothrist und Vordemwald gehören).
Trotz der grossen Fläche wohnen nur etwa 2800 Menschen in der Gemeinde, welche den tiefsten Punkt bei der Aare auf 408 Metern über Meer, den höchsten auf 569 Metern hat.