Böttstein liegt am linken Aareufer, zirka sieben Kilometer vor der Mündung der Aare in den Rhein. Wald, Reben, Trockenstandorte, sanfte Hügel und Auenwälder, aber auch Aare und Stausee prägen das Landschaftsbild.

Böttstein ist eine Gemeinde mit vier Dörfern. Dazu gehören Böttstein, Kleindöttingen, Eien und Burlen.

Das Dorf Böttstein gibt der politischen Gemeinde heute ihren Namen, die dominierende Rolle spielt aber Kleindöttingen, wo auch die Gemeindeverwaltung ist.